Das Luftverkehrsgesetz schreibt seit 1971 vor, dass an Standorten mit einem Verkehrsaufkommen von über 25.000 Flugbewegungen pro Jahr Fluglärmkommissionen gegründet werden müssen.

Herbert Knur, ehemaliger Bürgermeister der Gemeinde Berglern und das am längsten gediente noch aktive Mitglied der Münchner Fluglärmkommission, hat im April 1990 im Freisinger Rathaus erstmals an einer Sitzung des Unterausschusses der Fluglärmkommission (FLK) teilgenommen. Vorsitzender war der damalige Freisinger Oberbürgermeister Dr. Adolf Schäfer. Die Rolle des stellvertretenden Vorsitzenden hatte der damalige Bürgermeister der Gemeinde Hallbergmoos, Herr Manfred Pointner, inne.  Dieser wurde 1994 zum Vorsitzenden der Fluglärmkommission gewählt - eine Position, die er beibehielt als er 1996 zum Freisinger Landrat gewählt wurde. In dieser Zeit stand ihm Herbert Knur als Stellvertreter zur Seite.

Im Jahr 2008 gab Manfred Pointner das Zepter an Herbert Knur weiter. Das Amt des Stellvertreters ging an den Freisinger Oberbürgermeister Tobias Eschenbacher. Der amtierende Vorsitzende, der Freisinger Landrat Helmut Petz, übernahm den Vorsitz im Jahr 2020. Als gleichberechtigter Stellvertreter fungierte weiterhin Tobias Eschenbacher. 

In der ersten Sitzung des Unterausschusses sowie in den folgenden Monaten stand die An- und Abflugregelung des Flughafens im Erdinger Moos im Mittelpunkt. Aufgrund der Planungen der Deutschen Flugsicherung ergaben sich Abweichungen zu den im Planfeststellungsverfahren zugrunde liegenden Betriebsmodellen. Berater der Kommission war Prof. Manfred Fricke von der TU Berlin.

Nach Inbetriebnahme des Flughafens im Erdinger Moos konzentrierte sich die Arbeit der Kommission auf Feinjustierungen der Abflugrouten mit dem Ziel, im Flughafenumland die Belastung möglichst gleichmäßig auf die Bevölkerung zu verteilen. Dabei wurde der Grundsatz formuliert, den Luftverkehr nach dem Start zunächst in der Nähe des Flughafens zu bündeln und erst später zu streuen.

Gegen Ende der 1990er Jahre kam es zu Auseinandersetzungen, als die FMG das Nachtflugkontingent, das gerichtlich fixiert war, ausweiten wollte. Die FMG beantragte eine neue Nachflugregelung mit deutlich stärkerem Verkehrsaufkommen. Dieser Antrag wurde genehmigt.

Seit 2005 beschäftigt sich die Kommission mit den Planungen für eine dritte Start- und Landebahn. 

Zur Ergänzung: Die Festschrift zum 50-jährigen Jubiläum der Fluglärmkommissionen in Frankfurt am Main berichtet, dass 1983 die Arbeitsgemeinschaft der Deutschen Fluglärmkommissionen auf Initiative der Frankfurter gegründet wurde. Seitdem liegt der Vorsitz beziehungsweise die Geschäftsführung in der Verantwortung des jeweiligen Vorsitzenden bzw. Geschäftsführers der Frankfurter Kommission.